高效除臭离子器通过施加外电场，使放电产生的大量高能电子（e）轰击废气中污染物分子，将污染物分子电离并激发，与其他活性粒子如氧原子（O）、羟基自由基（OH）结合，使复杂大分子污染物转变为简单小分子安全物质，或使有毒有害转化成低毒低害物质。
以臭气去除为例，臭气主要成分为硫化氢（H2O），高能电子（e）轰击分解H2S分子后，与高活性的氧原子结合，最终生成H2O和SO2：
H2S +e → H + HS + e → 2H+S
2H+S+3O→H2O + SO2
